《宠物小精灵》里面神奇宝贝的价值是根据能力值以及稀有度决定的，因此动画中的训练师通常都会将传说的神奇宝贝列为“最稀有神奇宝贝”的名单中，毕竟它们的数量是唯一嘛。
但个人认为，在《宠物小精灵》系列动画中最稀有的神奇宝贝并非传说的神奇宝贝，以下这几只普通的神奇宝贝才能称得上是“稀有”，虽然它们的种群数量很庞大，但是却因为它们的特殊性而成为“最稀有”。
火箭队的喵喵
个人觉得将“喵喵”放在稀有神奇宝贝第一位绝对当之无愧，它不仅是唯一一只直立行走的喵喵，还是掌握神奇宝贝语言和人类语言的神奇宝贝翻译家，而且喵喵还会发明制作许多捕捉机器，就是因为这些特点，所以喵喵才能成为大家心目中的“超稀有”神奇宝贝，然而动画中的人们却视而不见，真的是非常令人不解。
水晶大岩蛇
水晶大岩蛇是《宠物小精灵》动画中训练家们一直寻找的稀有神奇宝贝，因为栖息在特殊的环境中，所以大岩蛇的躯体变成了晶莹剔透水晶，当光芒照射在它的身体上时，光线还会被它的身体表面折射，并呈现七彩的虹光。
金色鲤鱼王
鲤鱼王在神奇宝贝世界中，是训练家们公认“最弱”的神奇宝贝之一，而且还经常被幻想成各式各样的鲤鱼王料理，不过当它进化成暴鲤龙之后，训练家便会对它另眼相看，而金色的鲤鱼王虽然非常稀有，但因为鲤鱼王终究是鲤鱼王，就算颜色稀有也无法改变它最弱的实力，所以依然被大家忽视。
红色暴鲤龙
在进化的时候，暴鲤龙的肤色完美的遗传了鲤鱼王的体色，所以全身呈现赤红色，与普通蓝色暴鲤龙相比，红色的暴鲤龙显得更加凶暴，不过总是被自己的种群排斥，不过在我的印象中，异色的神奇宝贝不是更强么？
银色巨金怪
在《宠物小精灵》动画中，巨金怪通常都是青色，但是在「钻石珍珠」第集里，却出现了一只银白色的巨金怪，而且这只巨金怪还是动画中被众多训练家避而远之的凶暴神奇宝贝。